Das Neujahrskonzert findet seit 1941 regelmäßig am Vormittag des 1. Jänner statt. Interessanterweise hat sich gerade Clemens Krauss gegen diesen Vormittagstermin gesträubt, da er befürchtete, „daß die Nachwirkungen des Sylvester den Konzertbesuch am 1. Januar unter Umständen recht ungünstig beeinflussen könnten.“ Nach dem Tod Krauss einigten sich die Wiener Philharmoniker auf den Konzertmeister Willy Boskovsky als Nachfolger. Dieser erfüllte sein Amt als Dirigent zum Jahreswechsel 25 Jahre lang mit Bravour. Unter seiner Leitung wurde das Neujahrskonzert 1959 erstmals im Fernsehen übertragen und seit 1962 wurde eine Voraufführung am Vormittag des 30. Dezembers zugunsten des österreichischen Bundesheeres unter Anwesenheit des Bundespräsidenten als obersten Befehlshaber des Heeres initiiert.
Noch heute findet diese Voraufführung als Benefizkonzert für wohltätige Zwecke statt.

Nach der Ära Boskovsky wurde 1980 der designierte Operndirektor Lorin Maazel mit der Leitung des Konzerts betraut. Nach sieben Saisonen beschlossen die Wiener Philharmoniker, zu einem alljährlichen Wechsel des musikalischen Leiters überzugehen. Klingende Namen wie Herbert von Karajan (1987), Claudio Abbado (1988 und 1991), Carlos Kleiber (1989 und 1992), Zubin Mehta (1990, 1995, 1998, 2007, 2015), Riccardo Muti (1993, 1997, 2000, 2004, 2018, 2021), Lorin Maazel (1994, 1996, 1999, 2005), Nikolaus Harnoncourt (2001, 2003), Seiji Ozawa (2002), Mariss Jansons (2006, 2012, 2016), Georges Prêtre (2008, 2010), Daniel Barenboim (2009, 2014, 2022) und Franz Welser-Möst (2011, 2013, 2023), Gustavo Dudamel (2017), Christian Thielemann (2019, 2024) und Andris Nelsons (2020) folgten.