Im Oktober 1844 wurde Nicolai die Nachfolge Mendelssohns als Domkapellmeister in Berlin angeboten. Im Februar des darauffolgenden Jahres zwang ein rheumatisches Kopffieber den Kapellmeister ins Bett. Diese geschwächte Position nützte das Orchester aus, um Georg Hellmesberger die Leitung des achten Philharmonischen Konzerts zu übertragen: „Erst Ende März genas ich [Nicolai] allmählig und hatte den Schmerz erleben müssen, das 8. Philharmonische Konzert […] von meinem undankbaren Orchesterpersonale ohne mich unter des Orchesterdirektors Hellmesbergers Leitung gegeben zu sehen.“ Das 'ohne mich' unterstrich der gekränkte Nicolai nochmals indem er „unthätig als Zuhörer“ dem Konzert beiwohnte. Daraufhin folgte ein recht hässlicher, über die Zeitung ausgetragener Streit, in dem sich Kapellmeister und Orchester gegenseitig als „ungerathene Söhne“ bezeichneten, die „der kraftstählenden Eintracht Knüppel zwischen die Füße werfen.“

Edmund Scharf, Wiener Korrespondent der Budapester Zeitung „Der Spiegel“ bemerkt zu diesen Streitereien sehr treffend: „Otto Nicolai […] so wie das Orchester des k.k. Hofoperntheaters, beide in ihrer eingebildeten Unfehlbarkeit, […] verdienen […] das schärfste Wort der Rüge, denn sie haben wieder die Kunst, die heilige, lächerlichem, schalem Privatinteresse geopfert.

Zwar leitete Hellmesberger das achte Philharmonische Konzert, jedoch blieb Nicolai noch eine Weile in Amt und Würden. Dies hatte er wohl dem Grafen Sedlnitzky zu verdanken, der ordentlich Druck auf Operndirektor Balochino ausübte und Nicolai ganze 400 (!) Gulden mehr Jahresgehalt in Aussicht stellte.